Prokop Hapala se zaměřuje na výpočetní návrh molekulárních strojů, zejména molekulárních počítačů, metod jejich výroby, a také na vývoj rychlých simulačních metod usnadňující výpočetní design v nanotechnologii a povrchové chemii. Je řešitelem projektu GAČR Junior Star nazvaného CADTARSIS: „Computer-Aided Design of Templated Assembling, Replication, and Synthesis on Ionic Substrates“, který se zaměřuje na vývoj nových fotocitlivých polymerních šablon schopných samosestavení na površích iontových krystalů podobně jako DNA origami. Konečným cílem tohoto projektu je propojit bio-mimetické metody nano-výroby s fotolitografií, a umožnit přesně umístit molekulární součástky, jako jsou přepínače a paměťové buňky, a propojit je do složitých výpočetních obvodů (molekulárních čipů). Základy navrhované metody jsou shrnuty v článku Computational design of photosensitive polymer templates to drive molecular nanofabrication, ACS Nano (2024).